《药师琉璃光如来本愿功德经》：“愿我来世的菩提时，身如琉璃，内外明彻，净无瑕秽。”药师珠又称圆线珠，外形多为扁豆型的珠身，而珠身中间有一条白色的条纹，每颗药师珠的纹路都是天然形成的，属于天珠族群的一种。
药师珠是天珠的旁系，其制作年代最早可以追溯到公元前2000-4000年 时期，具有很强的辟邪与疗病的功效在台湾称之为药师珠，其原因是将其置放于密封的小空间中置于手掌心另其提升珠体温度，一段时间再开启后则会有一股药香味 道，因而赋予其名。原因可能因为药师珠渗进了各种名贵药物，用以治病，并用巫术咒语的图腾意念，藉以获得诸佛众神的加持与护佑。
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药师珠过去是一种吉祥物而且具有贸易珠及避邪作用的功能。由于外形呈圆形，很适宜用来当念珠使用，尤其是佛教弟子以药师珠来修持药师法门，更可达到心神合一的效果，吉祥如意，所求愿满。但要注意的是，药师珠串成项链或手链使用时，最好在中间放置软质的隔珠，以免磨损。
标准的药师应该是黑色或深褐色底色的玛瑙上，居中一条白线。药师珠应该以底色深、白线规整而粗，颜色对比强烈，个头大为好。药师珠就是玛瑙珠，所以可以按照鉴别老玛瑙珠的方法看药师珠。
另外说法此类珠子是药师佛手执之念珠, 药师珠代表药师佛的佛眼庇佑。因药师佛修法选用此珠，故而得名。可当做念珠使用，尤其在修药师法门时使用，在藏传佛教的宗教用品中有着重要得地位，深受信徒与收藏家得青睐，在古老得藏医学中，品质上乘得药师珠还可以做入药之用。
老藏医认为借助一些大自然神秘得力量可以达到驱邪避讳得作用。药师佛手持之念珠，让人少烦恼,增福寿、解除烦忧、消除恶气、平安吉祥健康的意义，适合各种生相大德。
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药师佛又叫做药师如来、大医王佛、十二愿王。为东方净琉璃世界之教主等称号。据《药师琉璃如来本愿功德经》载，日光遍照菩萨与月光遍照菩萨同为药师佛的二大胁士。月光菩萨和日光菩萨同为无量无数菩萨众之上首，依次递补佛位，悉能持药师如来之正法宝藏
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